Puh, das wird ne Menge xD
Wo fange ich an... ehm:
Am Anfang ihrer Geschichte waren die Zerg Parasiten, die andere Lebensformen auf Zerus bewohnten. Kleine Würmer (ähnlich den großen Zerebraten), die sich im Körper vermutlich in der Nähe des Hirns eines Wirtstieres (wer Stargate kennt, dem müssten an dieser Stelle gute Vergleiche zu den Goa'uld einfallen), damit sie dieses kontrollieren konnten, festsetzten. Sie haben die Persönlichkeit ihres Wirtes verändert (ihn aggressiver gemacht) und seine stärksten Attribute noch verstärkt.
Die Xel'naga haben diese Parasiten ausfindig gemacht, als sie auf der Suche nach der Reinheit der Essenz waren. Warum?
Die Zerg sind geistig primitive Lebensformen (klingt also anfangs widersprüchlich), die ständig auf der Suche nach körperlicher Perfektionierung sind, also nach der Reinheit der Form (den Protoss). Die Xel'naga haben den Parasiten so verändert, dass er noch schneller und noch aggressiver evoliert und seine Wirte verändert, seine Stärken aufnimmt und verbessert.
Das ging irgendwann so schnell, das die Xel'naga ein Mittel der Kontrolle brauchten. Deshalb erschufen sie den Overmind und veränderten die anderen Zerg soweit, dass sie geistig quasi noch primitiver wurden und nur noch auf diesen einen "Übergeist" hörten. Der Schwarm war geboren. Einzelne Zerg waren nicht mehr in der Lage selbstständig zu denken, ihre Gehirne sind außer zu triebhaftem Denken nicht mehr fähig gewesen, dafür wurde alle Intelligenz in einen Schwarmführer gelegt.
Das ist die Reinheit der Essenz. Es gibt kein Individuum mehr, nur noch den Schwarm. Gesteuert von einem Hirn. Ein kollektives Individuum, sozusagen.
Die Xel'naga haben quasi den Zerg die Reinheit der Essenz mit dem Overmind in die Wiege gelegt. Oder vielmehr damit, dass sie geistig verkümmert sind und eine Führung brauchen (wie Kerrigan oder die stärkste Brutmutter etc.). Jetzt suchen sie, wie es ihr Trieb und auch der Wunsch der Xel'naga ist, die Protoss, um endgültig die Reinheit der Form zu erreichen.
Es stimmt, dass die Zerg alle anderen Rassen, die ihnen über den Weg laufen assimilieren, aber ihr angepeiltes Endziel sind die Protoss. (Damit der Zyklus sich wieder schließt.) (also einen Punkt an Jack

)
Jetzt mag man sagen, dass das ziemlich brutal ist, die eine Rasse einfach so zu assimilieren und damit zu vernichten, aber das ist nunmal die natürliche Verschmelzung; der natürliche Weg, wie die Zerg funktionieren.
Mit den Protoss hatten die Xel'naga anfangs einen neuen Weg eingeschlagen. Die Protoss waren eine Krieger/Jägerrasse, die körperlich schon recht fit war. Interessant war dabei wahrscheinlich, dass die Protoss telepathisch kommunizierten und ihr Hirn auch zu telekinetischen Fähigkeiten in der Lage war. Mit einigen Verbesserungen durch die Xel'naga wurde der Weg für die Protoss gelegt, in einigen Generationen schon körperlich (das umfasst auch das Gehirn) perfekt zu sein. Nun wollten die Xel'naga etwas neues ausprobieren und sehen, ob sie Xel'naga auch schon mit nur einer Rasse erschaffen könnten.
Die telepatischen Fähigkeiten der Toss wurden deshalb um die Khala erweitert. Die Geister der Toss sollten in der Khala verschmelzen und sie sollten wie ein Individuum agieren. Leider (
und das war der Fehlschlag, den die Xel'naga hinnehmen mussten), wollten die Toss ein Teil ihrer Individualität behalten. Sie gingen nicht wirklich in der Khala auf. Daraufhin verließen die Xel'naga Aiur, die Khala brach zusammen oder wurde nie richtige etabliert und geriet in Vergessenheit und die Protossstämme schuben sich gegenseitig die Schuld dafür zu, dass ihre Götter gegangen sind. Das Zeitalter des Haderns war gekommen.
Die Protoss haben also die Reinheit der Form und sollten die Reinheit der Essenz bekommen (was fehlschlug) und die Zerg haben die Reinheit der Essenz (durch den Overmind, bzw. durch einen Hivemind, der alle anderen kontrolliert und aus den Zerg den Schwarm macht) und streben von Natur aus nach der Reinheit der Form.
Aus dem Zitat von oben geht ebenfalls hervor, dass der Overmind damals einen Teil des Wissens der Xel'naga aufgenommen hat und er "Tausende von ihnen in sich selbst verarbeitet hat" (so zumindest die wörtliche Übersetzung) da steht zumindest nicht explizit, dass die Xel'naga in irgendeiner Form
in den Schwarm assimiliert wurden. (also könnten Pok1990, Crispy, und Xyonen in dem Punkt meiner Meinung nach recht haben)
Vllt hat der Overmind es geschafft einige ihrer Attribute aufzunehmen (würde z.b. seine Unsterblichkeit gegenüber konventionellen bzw. Nicht-Void-Waffen erklären), aber möglicherweise war es ihm oder Abathur (falls der damals schon existierte) nicht möglich dies für den ganzen Schwarm zu tun.
Wir wissen allerdings immer noch nicht genau, was The Fallen One mit dem Overmind gemacht hat. Es könnte eine obere Direktive gewesen sein nur ihm zu gehorchen, sobald er sich zeigt. Und da der Willenlose Schwarm dem Overmind gehorcht, wäre dieser wiederum dem Gefallenen gefolgt. Diese Direktive kann durch Kerrigans Erschaffung zum Beispiel gebrochen werden. Oder er hat dem Overmind eingepflanzt die Protoss zu vernichten anstatt sie zu assimilieren. Das würde seinem Ziel dienen den Zyklus zu beenden... das ist mir noch nicht ganz klar, wird sich aber denke ich bald zeigen.
Interessanter finde ich hingegen die Frage nach dem Motiv des Gefallenen. Bzw. warum ist er der Gefallene? Wir sind uns einig (wenn man mal ein bisschen darüber nachdenkt), dass er ein Xel'naga sein muss. Aber Xel'naga sind friedfertig soweit wir wissen. Nur dieser eine nicht. Warum? Schlechte Kindheit? Wohl kaum... xD
Da habe ich meine Vermutungen dahingehend, dass es einen Unterschied, zwischen
The Dark Voice und
The Voice in the Darkness gibt, den Blizzard extra nochmal unterstrichen hat.
Aus dem einen kleinen Frontline Comic, in dem The Voice in the Darkness auftaucht, wird klar, dass sie die Xel'naga hasst, da sie sie als falsche Götter bezeichnet. Diese Stimme/ Entität ist zudem so mächtig, dass sie Protoss befallen und kontrollieren kann und eventuell so mächtig, dass die Xel'naga Angst vor ihm hatten und sie weggesperrt haben. Er scheint also ein uralter Feind der Xel'naga zu sein. Und wenn er Protoss übernehmen kann, vllt ist ihm auch ein Xel'naga auf den Leim gegangen. Und das ist jetzt der Gefallene.
Nur eine Theorie
P.S.: Zur "Aussehen der Queen-Diskussion" muss ich den Leuten recht geben, die sagen, es stammt von Kerrigans Genen. Sie hat die Queens nach ihrem eigenen Abbild geformt. Die telepatischen Psi-Gene mit deren Hilfe die Queens den Schwarm kontrollieren, stammen wohl eher von Kerrigan, oder Überbleibseln der Zerebraten (oder einer Mischung aus beiden). Soweit ich weiß, ist es bislang noch nicht gelungen Protoss zu assimilieren. Sie wurden schonmal durch Kriecher/den Zerg Virus infiziert, aber das ist nicht mit einer Assimilation und Aufnahme von Protoss-Attributen und Fähigkeiten in den Schwarm gleichzusetzen.