Bei den Mutterschiffen der Protoss handelt es sich um gigantische Raumfahrzeuge, die vor Jahrhunderten während des goldenen Expansionszeitalters der Protoss entwickelt wurden. Als Kommandoschiffe sollten sie gewaltige Flotten von Protoss-Forschern in die dunklen Tiefen des Alls und sicher nach Hause geleiten. Diese Tage gehören längst der Vergangenheit an. Die noch verbliebenen Mutterschiffe wurden später zu heiligen Schreinen der Protoss, die dem Gedenken an eine ehrbare Existenz und die stolzen Abschnitte in der Protoss-Geschichte dienten.
Im Kern eines jeden Mutterschiffs befindet sich ein Khaydarinkristall, der mit einer schier unermesslichen Menge an psionischer Energie erfüllt ist. Macht das Mutterschiff von dieser Energie Gebrauch, so kann es sich durch Raum und Zeit warpen oder diese regelrecht überwinden. In nur wenigen Augenblicken kann die verheerende Feuerkraft eines Mutterschiffs ganze Geschwader feindlicher Schiffe auslöschen oder einen Planeten vollständig verwüsten. Als das goldene Zeitalter seinen Höhepunkt erreichte, wurden die Mutterschiffe als gigantische Monumente in den entferntesten Regionen des von den Protoss erkundeten Raumes zurückgelassen. Man glaubte, nie wieder von ihnen Gebrauch machen zu müssen.
Nach dem Verlust von Aiur wurden die Mutterschiffe jedoch wieder aus den entlegenen Weiten der Galaxie zurückberufen. Heute sind es aber keine Mystiker und Geschichtskundigen mehr, die die Besatzung der Schiffe ausmachen, sondern Krieger. Die ältesten und mächtigsten Waffen der Protoss wurden zu neuem Leben erweckt und warten nun darauf, die Galaxie in Brand zu setzen und den Verlust der Protoss-Heimatwelt zu rächen.
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