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Die Erkenntnis, dass sie nicht alleine waren im Universum, traf die Menschheit, als eine schimmernde Flotte von Protoss-Schiffen über dem Planeten Chau Sara aufzog und ohne Vorwarnung das Feuer eröffnete.
Auf Chau Saras Schwesterplaneten, Mar Sara, stieß Marshal Jim Raynor unterdessen auf Hinweise für die Präsenz eines zweiten außerirdischen Volks. Überall auf dem Planeten kam es wenig später zu Angriffen und es bedurfte der Söhne von Korhal, um überhaupt eine Art von organisierter Gegenwehr gegen die fremden Wesen aufzustellen, die nun als „Zerg“ bekannt wurden.
Jim Raynor und die Rebellen evakuierten Mar Sara so weit wie möglich, bevor die mysteriöse Flotte der Protoss erneut erschien und den Planeten in Schutt und Asche legte.
Gründlich desillusioniert von der Konföderation schloss sich Raynor den Söhnen von Korhal an. Auf dem Planeten Antiga Prime arbeitete er zusammen mit Mengsks rechter Hand, Sarah Kerrigan – einer ehemaligen Eliteattentäterin der Konföderation, die Mengsk aus der neuralen Konditionierung der Regierung befreit hatte. Obwohl ihre Beziehung einen schwierigen Start hatte, entwickelte sich schon nach kurzer Zeit eine effiziente Zusammenarbeit zwischen ihnen.
Mengsk schürte indes auf Antiga Prime eine groß angelegte Revolte gegen die Konföderation. Er benutzte dann einen Psi-Emitter – ein von der Konföderation entworfenes Instrument, das als Locksignal für die Zerg diente – um die Streitkräfte der Konföderation zu zerstören. Kurz danach brannten die Protoss Antiga Prime nieder, genauso, wie sie es zuvor mit Chau Sara und Mar Sara getan hatten.
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