Bei dem Versuch, das volle Ausmaß der Evolution ihrer Kreation zu überschauen, hatten die Xel’Naga den Weltraum verlassen und sich in die Kultur der Protoss integriert. Die Ankunft der Xel’Naga schien die verstreuten Stämme der überglücklichen Protoss noch enger zusammenzuführen, geeint in der Erwartung, von ihren weisen Schöpfern neue Wahrheiten und Einsichten zu bekommen.
Die Xel’Naga waren voller Bewunderung darüber, mit wieviel Eifer die Protoss die Geheimnisse des sie umgebenden Universums erkundeten. Die Protoss besaßen einen unendlichen Durst nach Wissen, was zur Entwicklung radikaler progressiver Richtungen bei wissenschaftlichen und metaneuralen Studien führte. Je weiter ihr Verständnis und ihr persönliches Bewußtsein wuchs, desto stolzer wurden die Protoss, und schließlich begannen sie, mehr Wert auf individuelle Ergebnisse als auf gemeinsame Entwicklungen zu legen. Die erfolgreicheren Stämme sonderten sich voneinander ab, jeder wollte seine eigene Rolle definieren, und zwar nicht nur in der sie direkt umgebenden Gesellschaft, sondern im Universum ganz allgemein.
Während sich die Stämme weiter und weiter auseinanderentwickelten, machte sich bei den Xel’Naga Frustration breit. Sie dachten darüber nach, ob sie die Evolution der Protoss nicht vielleicht zu weit getrieben und dadurch die Reinheit ihrer Kreation verdorben hätten. Viele Xel’Naga waren der Ansicht, daß die Protoss ihre größte Stärke verloren hatten, als einzelne Individuen entstanden, die das einst primäre, die Gemeinschaft zusammenhaltende Band zerrissen. Die Stämme, angetrieben von individualistischen Ideen, ließen ihre eigenen alten Prinzipien und Riten wieder aufleben, um sich von ihren Brüdern noch weiter abzusetzen. Und wo einst nur Bewunderung und Verehrung für ihre Schöpfer war, begannen sich unter den Stämmen nun Zweifel auszubreiten, welcher Art das Interesse der Xel’Naga an ihren Angelegenheiten denn wohl wirklich sei.
Viele Monate gingen auf Aiur ins Land, und die Protoss begannen, sich von ihren Xel’ Naga- Lehrern abzuwenden, denn jeder Stamm verbreitete wilde Gerüchte, die den angeblichen Verrat ihrer Schöpfer zum Thema hatten. Bei dem Versuch, sich völlig vom Rest ihrer Rasse zu lösen, kam den Stämmen langsam die Verbindung zu ihrer ursprünglichen psychischen Gemeinsamkeit abhanden. Diese Auflösung der angeborenen Empathie der Protoss füreinander zerstörte nun auch noch die letzten Überbleibsel von Zusammengehörigkeit und Brüderlichkeit unter ihnen.
Der Bruch der psychischen Verbindung war für die Xel’Naga allerdings auch das deutlichste Zeichen, daß die Protoss tragischerweise das fundamentalste Element ihrer Größe verloren hatten. In dem Glauben, einen großen Fehler gemacht zu haben, indem sie ihre Schöpfung zu schnell zu weit getrieben hätten, beschlossen die Xel’Naga, Aiur auf immer zu verlassen. Als die mißtrauischen Protoss von der bevorstehenden Abreise ihrer Schöpfer erfuhren, reagierten sie mit einem plötzlichen gewalttätigen Angriff auf die Weltenschiffe der Xel’ Naga. Viele Hundert Xel’Naga, wenige Jahrzehnte zuvor noch als Götter verehrt, wurden von den rasenden Protoss ermordet. Die Xel’- Naga wehrten den Angriff der Protoss ab und verschwanden mit den meisten ihrer riesigen Schiffe in den Tiefen des Alls.
Die Stämme der Protoss, verwirrt und verlassen nach dem Abflug der Schöpfer, wandten sich in ihrer Verzweiflung gegeneinander. Was nun folgte, ging als der blutigste und grausamste Bürgerkrieg aller Zeiten in die Annalen der galaktischen Geschichte ein: die Ära des Zwists. Die wüsten Schlachten, die während der Ära des Zwists von zahllosen Generationen der Protoss ausgetragen wurden, dienten lediglich dazu, sich gegenseitig die Schuld zuzuschieben und dafür zu bestrafen, daß sie von den Schöpfern verlassen worden waren.
Obwohl es über diese “vergessene Periode” in der Geschichte der Protoss nur wenige Augenzeugenberichte gibt, gilt es als erwiesen, daß sich die “Erstgeborenen” zu wütenden Legionen gnadenloser Killer zurückentwikkelten. Getrieben von einem lange gepflegten gedankenlosen Haß gegen ihre Brüder lebten und starben ganze Generationen von Protoss, ohne jemals etwas über das Erbe ihrer Vergangenheit oder das psychische Urband zu wissen, das ihre Vorväter einst miteinander verband. Legenden besagen, daß bei dem epischen Kampf zwischen den wild wütenden Stämmen sogar die größeren Landmassen von Aiur völlig zerstört wurden. Es schien, als ob die einst blühende Protoss-Kultur an den Rand eines Abgrundes geraten war, an dem ihr der endgültige Absturz drohte.
